La Sociedad de San Vicente de Paúl está organizada jerárquicamente, pero desde el Reglamento aprobado en Dublín, en septiembre de 1973, el presidente del Consejo general, así como de todos los demás Consejos, y hasta el de cada Conferencia, se elige por votación secreta.
Su organigrama es así:
El Consejo general, con residencia en París, es la autoridad suprema en la Sociedad. El presidente es elegido para un período de seis años, y por todos los socios del mundo, a través de los Consejos Nacionales. Sólo puede ser reelegido una vez. Elige sus colaboradores para formar la Mesa, y puede nombrar delegados para determinadas misiones, entre ellas, para presidir cada uno de los Continentes. Forman parte del Consejo General todos los presidentes de Consejos Nacionales o asimilados, que son los territorios no constituidos en nación en los que hay Conferencias.
En cada nación se elige un presidente, también por votación secreta. Y en cada nación puede constituirse diferentes Consejos, los que se consideran convenientes para la vida y la eficacia de las Conferencias.
En España pueden constituirse Consejos Regionales, Provinciales, Comarcales, Particulares, Locales, etc. Por ser la Sociedad laica, y no ser obra de la Iglesia, no tiene Consejos Diocesanos. Pero al ser esencialmente católica (en el Reglamento hay seis afirmaciones de que es cristiana y cuatro de que es católica) está en voluntaria sumisión y espíritu de servicio a los señores obispos.
La célula más importante de la Sociedad, y en la que está la esencia de la misma, es la Conferencia.
Para constituir una Conferencia basta reunirse tres personas de buena voluntad que han de informarse del espíritu y de las formas de actuar de las Conferencias. Estas pueden ser masculinas, femeninas y mixtas, y pueden constituirse en diferentes comunidades: grupos sociales, parroquias, centros apostólicos, grupos de matrimonio, de jóvenes, pueblos, barrios, empresas, etc. No importa la edad de las personas, ni el número de éstas, aunque se recomienda que en el caso de ser muy numerosas (por ejemplo, más de veinte) se desdoble y funde otra Conferencia.
Se reúnen semanalmente en el lugar, día y hora que se acuerde.
La reunión ha de estar inspirada en la fraternidad y en el espíritu de la Sociedad de San Vicente de Paúl, para la que ninguna obra de caridad le es ajena.
Se comienza con una invocación al Espíritu Santo y el rezo de una Padrenuestro. Se trata de los estados de necesidad que se conozcan y cómo buscar otros nuevos, así como el modo de remediarlos o aliviarlos, y se hace una colecta secreta para atender a esas necesidades.
Se termina invocando a la Santísima Virgen.
El modo más frecuente de actuar las Conferencias es la visita domiciliaria, para convivir con los necesitados en su propio ambiente y para comprenderlos mejor, y para que se les lleve la ayuda, mucha o poca, a su propia casa sin que tenga que ir a otra parte a buscarla.
La relación de los socios de una Conferencia entre sí, la relación con otras Conferencias y de éstas con sus Consejos hacen que sea posible que se extienda por todo el mundo una red caritativa, que está establecida en 112 naciones, con 34 Consejos Nacionales en África, 34 en Norteamérica, 28 en Asia y 17 en Europa. Entre todos estos Consejos existen 30.000 Conferencias, que cuentan con 750.000 personas de buena voluntad que atienden, en los cinco continentes, al prójimo que necesita ayuda.